Desempeño y Balanceo de carga. Al haber una gran cantidad de sitios, no se tiene mucho control sobre los visitantes, y la asignación de recursos. Simplemente se le asignan más recursos a quien más los necesita, a costa de otros sitios, ocasionando que algunos sitios se vuelvan muy lentos.

Control. Todos los sitios usan la misma configuración de PHP, MySQL y Sistema Operativo. Si necesitas cierta configuración especial, lo más probable es que no puedas conseguirla, ya que todos los sitios usan la misma.

Seguridad. Hay más probabilidades de que la información de tu sitio pueda ser obtenida, ya que la única protección es a través de passwords a nivel de archivos.

Listas Negras de email. Al compartirse una misma máquina y una misma IP, si un usuario está enviando email SPAM y es incluido en alguna Lista Negra, todos los usuarios serán bloquedos también.